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ファイル比較ウインドウでは、基本的には2つの横に並んだエディタペインで、開いた2つのファイルを表示します。小さな変更を簡単に行える編集機能があるため、他のエディタや開発環境でファイルを開く必要がありません。

WinMerge は、何通りかの方法でパスの選択・オープンができます。開く-ダイアログは、その内の一つです。

フォルダ比較では、比較したフォルダ内のすべてのファイルとサブフォルダをリストとして表示します。フォルダ比較では、コピーや削除をすることによってフォルダやファイルの同期をとることができます。フォルダ比較ビューは、多方面にわたるカスタマイズができます。

ツリー表示モードでは、フォルダはファイルやサブフォルダを含んだ展開や折り畳みが可能です。深くネストされたディレクトリ構造でも操作が容易になります。ツリー表示は、再帰的比較のときのみ利用可能です。

行内の正確な違いを見れると便利なことがよくあります。WinMerge は、行内の異なっている部分を強調表示できます。

ロケーションペインは、比較するファイルの全体的な(差異の)マップを表示する便利なサイドペインです。

WinMerge 2.8 では、新しいプロフェッショナルなスプラッシュスクリーンが表示されます。